日本で一番小さいとはいえ、宗門を継承する上で様々なトラブルはあります。本宗は海外にも行者がおりますので、誹謗中傷は国外にも付きまといます。文化的背景が異なる西洋では、修験道を実践する事が差別に繋がりかねません。信仰が盛んなアジア圏では、何かと揚げ足を取られます。布教し、現地の行者を護るためには何をしたらよいか、いつも心を悩ませています。
また本宗は破門者が多いです。簡単に作法を教えてくれると考える者が多いからでしょうか。作法をするには、やっていい事と、悪い事があります。神仏や人間自身を冒涜する言動は慎まなければなりません。本宗では、得体のしれない霊が「見える」、「聞こえる」などの因縁話は禁じております。
神仏とご縁を結ぶか、生霊、死霊とご縁を結ぶか、どちらを選ぶか、道を間違ってはなりません。どうしても、因縁話をしたい方は、本宗を辞めて頂いております。穏やかに離席という処分にしますが、実質、破門という事です。こうした破門者については、理由によっては個別の照会に応じますが、公にはしておりません。